Sur les 35 milliards d'euros que devrait recueillir le grand emprunt, 16 milliards iront à l'enseignement supérieur, la recherche et l'innovation. Sur le solde, deux milliards sont destinés à accélérer le développement des sciences du vivant, dont la moitié pour l'innovation dans les agro-biotechnologies. Le développement des énergies décarbonnées et l'efficacité dans les gestions des ressources sont susceptibles de bénéficier de 3,5 milliards. Le soutien à l'innovation dans les agro-biotechnologies se fera sur la base de 10 % par an, sur dix ans. La structure de portage des fonds serait l'Ademe, qui animerait un comité de pilotage veillant au respect de l'objectif clairement défini : « permettre le développement d'innovations dans la production de matières premières agricoles et dans l'utilisation de carbone renouvelable en substitution au carbone fossile ».
L'accent serait mis, dans le domaine des biotechnologies vertes sur le génotypage à haut débit, l'ingénierie cellulaire et moléculaire, afin de produire des « variétés végétales innovantes répondant aux besoins d'une agriculture à hautes performances économiques et environnementales ». En ligne de mire, autant l'alimentation humaine et animale que nouvelles filières du carbone renouvelables, à base d'amidon ou d'oléagineux.
Les biotechnologies blanches sont également en lice, pour le développement d'enzymes et des micro-organismes à des fins chimiques ou bioénergétiques à partir de biomasse.
Le rapport Juppé-Rocard rappelle les engagements déjà pris par la France : le programme Génoplante, ceux concernant les biocarburants de 2ème et 3ème génération et enfin, les programmes menés sur la chimie verte, notamment dans le cadre des pôles de compétitivité.
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